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芽孢桿菌在水產養殖中是用量大，效果好，繁殖速度快，性價比高的一個菌種，芽孢桿菌在水產養殖中的應用至少有這么五個方面。
第一，芽孢桿菌具有很好的凈水爽水的工具，芽孢桿菌能夠分解池塘中的各種有機質，像殘餌、糞便、死藻等都能分解。
第二，芽孢桿菌可以作為肥水產品的增效劑，能起到一個很好的增效作用，它可以把肥水產品中的大分子的有機肥，把它轉變成小分子的無機鹽，增強肥效。
第三，芽孢桿菌能有效的凈水，芽孢桿菌能夠蓄凝池塘中各種有機懸浮，并且將其增解。
第四，芽孢桿菌長期使用，每個星期使用一次，能夠有效的預防藍藻、裸藻、甲藻等等藻類。
第五，芽孢桿菌可以用在池塘倒菌以后，比如說消毒殺蟲，或者是水質發生了劇烈的變化，需要補充菌種的時候，可以補充芽孢桿菌，芽孢桿菌最快每15分鐘就能繁殖一批，補充芽孢桿菌能夠恢復水體的凈水能力，進一步的穩定水質。
